18 мая 1957 года Совет Министров СССР принял постановление, которым предписывалось: «Организовать Сибирское отделение  АН  СССР  и  построить   для    него    научный    городок    близ    г. Новосибирска, помещения для научных учреждений и благоустроенные жилые дома для сотрудников…». Комплексное    задание    на    проектирование   от   18   июля   1957 года № 742/10556, подготовленное ГипроНИИ Академии наук СССР, было утверждено президентом АН СССР.

Идея планировочной структуры научного городка заключалась в создании наиболее благоприятных условий жизни населения, позволяющих сочетать  удобства благоустроенного города с непосредственной близостью к природе. Этой же цели служило четкое деление территории на зоны НИИ, коммунально-складскую, селитебную и отдыха.

21 августа 1964 года государственной приемочной комиссией во главе с президентом АН СССР академиком М.В. Келдышем с оценкой «ХОРОШО» подписан «Акт приемки в эксплуатацию Новосибирского научного центра Сибирского отделения Академии наук СССР» (утвержден постановлением Совета Министров СССР от 11 января 1965 года). Были построены здания 14 НИИ и университета, Вычислительный центр, Экспериментальный завод,   Дом   ученых,   Торговый   центр,   Дом    связи, 5 общеобразовательных школ, 18 детских дошкольных учреждений, пионерский   лагерь, 15    продовольственных  и  промтоварных     магазинов, 7 столовых, 2 больницы, общежития, объекты жизнеобеспечения и обслуживания,  жилые дома, клуб и кинотеатр.

30 декабря 2014 года постановлением правительства Новосибирской области № 544-п Новосибирский Академгородок был включен в единый государственный реестр объектов культурного  наследия народов Российской Федерации в качестве достопримечательного места.